Struktur organisasi Himpunan Mahasiswa disusun secara hierarkis dan fungsional untuk menjamin efektivitas koordinasi serta pelaksanaan program kerja. Ketua Himpunan memegang peran strategis sebagai pengambil keputusan tertinggi yang didampingi oleh Sekretaris Jenderal dalam mengoordinasikan administrasi dan komunikasi internal organisasi. Fungsi kesekretariatan diperkuat oleh Sekretaris 1 dan Sekretaris 2 yang didukung oleh staf kesekretariatan, sementara pengelolaan keuangan dilaksanakan oleh Bendahara 1 dan Bendahara 2 secara akuntabel dan transparan. Pada level pelaksana, organisasi terbagi ke dalam tiga bidang utama, yaitu Bidang Advokasi dan Kesejahteraan Mahasiswa yang menaungi divisi Advokasi dan Kemahasiswaan, Bidang Pengembangan Potensi Mahasiswa yang membawahi divisi Olahraga dan Seni serta Penelitian dan Pengembangan, serta Bidang Hubungan dan Jaringan yang mencakup divisi Eksternal, Media Komunikasi dan Informasi, serta Bisnis dan Mitra. Pembagian struktur ini mencerminkan komitmen organisasi dalam mengakomodasi aspirasi mahasiswa, mengembangkan kapasitas dan potensi anggota, serta memperluas jejaring dan kolaborasi strategis secara berkelanjutan.